Die Abteilung für Mikrobiologie an der Universität Hamburg beschäftigt sich mit folgenden Themenschwerpunkten:
Im Rahmen unserer Arbeiten suchen wir nach neuen Wirkstoffen, die mikrobielle Biofilme im Wachstum inhibieren. Biofilme sind bakterielle Aufwüchse auf Oberflächen, die oft pathogen sind oder zumindest
störend. Biofilme zeichnen sich im hohen Maße durch Biozid- bzw. Antibiotkaresistenzen aus. Daher entwickeln wir mit unseren Metagenomansätzen neue Strategien zur Bekämpfung von Biofilmen. In diesem Projekt arbeiten wir mit den opportunistisch pathogenen Mikroorganismen Pseudomonas aeruginosa und Staphylococcus epidermidis. Diese Arbeiten orientieren sich am Infektionsschwerpunkt der Universität Hamburg. Dabei sind wir insbesondere an Prozessen der Zell-Zell-Kommunikation, dem sogen. Quorum Sensing interessiert und wie diese Signale wieder abgebaut werden (Quorum Quenching).
AG Streit
Die Gruppe sucht mit Hilfe von Metagenomanalysen gezielt nach
neuartigen Biokatalysatoren oder Biomolekülen mit ungewöhnlichen Eigenschaften. Dazu nutzen wir das große genetische Potential der nicht kultivierten Mikroorganismen aus. Im Zuge dieser Arbeiten sind wir insbesondere an Lipasen, Cellulasen und Decarboxylasen interessiert.
AG Streit
Zusammen mit dem Göttinger Genomlabor (G2L) sequenzieren wir zudem Genome von Gram-negativen Modellorganismen, die eine Interaktion mit Eukaryoten eingehen können. Dabei handelt es sich z.B. um Burkholderia glumae PG1, Sinorhizobium fredii USDA257. und Janthinobacterium HH01. Vor kurzem wurde zudem von uns das 6,9 Mbp große Genom von
Rhizobium sp. NGR 234 fertig gestellt und publiziert.
AG Streit
Darüber hinaus sind wir an der Diversität von Nitrit-oxidierenden Mikroorganismen interessiert. Schwerpunkt dieser Arbeiten ist die Charakterisierung neuer Vertreter (z.B. Nitrospira und Nitrotoga) sowie
ein besseres Verständnis ihrer ökologischen Rolle in der Natur.
AG Spieck
Ein weiterer Fokus der Arbeiten liegt im Bereich der Ammoniak-
oxidierenden Mikroorganismen. Dabei analysieren wir die Physiologie,
und Phylogenie dieser Organismen.
AG Pommerening-Röser
Die AG Perner beschäftigt sich im Rahmen ihrer Forschung vorrangig mit Mikroorganismen und Stoffwechselwegen aus extremen Habitaten.
Hierbei werden zwei Hauptthemenbereiche bearbeitet: Der eine Bereich beschäftigt sich mit ökologischen Fragestellungen rundum Bio-Geo-Schnittstellen bzw. Bio-Geo-Interaktionen, der andere beschäftigt sich mit der industriellen Anwendung neuartiger Enzyme aus diesen Habitaten. Enzyme, die im Fokus dieser Arbeiten stehen umfassen: 1) Hydrogenasen, die die Reaktion H2 ↔ 2H+ + 2e– katalysieren sowie 2) Kohlenmonoxid-Dehydrogenasen, die die Reaktion CO + H2O + A ↔ CO2 + AH2 katalysieren.
AGPerner